1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
tatgttctgttcccttcccagctttccttattattgttatgttccacaatgttaatgatttattattgttgtgacatgacatgactcaggAATGAGAAAGGGTTGTTTTATGCCTTGGATCTCGGAGGAACCAACTTCCGTGTGCTGAGGGTGCAGTTGGGTGGCAAAGATGAGCGTGTCATTGCCACCG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA17G37720.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GGCCCGGGCTTCCCATGATACCCAGCTATGTTGAAAATCTTCCCACTGGG AATGAGAAAGGGTTGTTTTATGCCTTGGATCTCGGAGGAACCAACTTCCGTEST: gi|298163676|gb|HO012409.1|HO012409
genomic: GGCCCGGGCTTCCCATGATACCCAGCTATGTTGAAAATCTTCCCACTGGGtatgttctgt ... atgactcaggAATGAGAAAGGGTTGTTTTATGCCTTGGATCTCGGAGGAACCAACTTCCGT
EST: GGCCCGGGCTTCCCATGATACCCAGCTATGTTGAAAATCTTCCCACTGGG AATGAGAAAGGGTTGTTTTATGCCTTGGGTCTCGGAGGAACCAACTTCCGTEST: gi|209709364|gb|BW678895.1|BW678895
genomic: GGCCCGGGCTTCCCATGATACCCAGCTATGTTGAAAATCTTCCCACTGGGtatgttctgt ... atgactcaggAATGAGAAAGGGTTGTTTTATGCCTTGGATCTCGGAGGAACCAACTTCCGT
EST: GGCCCGGGCTTCCCATGATACCCAGCTATGTTGAAAATCTTCCCACTGGG AATGAGAAAGGGTTGTTTTATGCCTTGGATCTCGGAGGAACCAACTTCCGTEST: gi|208265368|gb|GE061832.1|GE061832
genomic: GGCCCGGGCTTCCCATGATACCCAGCTATGTTGAAAATCTTCCCACTGGGtatgttctgt ... atgactcaggAATGAGAAAGGGTTGTTTTATGCCTTGGATCTCGGAGGAACCAACTTCCGT
EST: GGCCCGGGCTTCCCATGATACCCAGCTATGTTGAAAATCTTCCCACTGGG AATGAGAAAGGGTTGTTTEST: gi|213619902|gb|DB971161.1|DB971161
genomic: GGCCCGGGCTTCCCATGATACCCAGCTATGTTGAAAATCTTCCCACTGGGtatgttctgt ... atgactcaggAATGAGAAAGGGTTGTTT
EST: GGCCCGGGCTTCCCATGATACCCAGCTATGTTGAAAATCTTCCCACTGGG AATGAGAAAGGGTTGTTTTATGCCTTGGATCTCGGAGGAACCAACTTCCGTEST: gi|10847376|gb|BF071529.1|BF071529
genomic: GGCCCGGGCTTCCCATGATACCCAGCTATGTTGAAAATCTTCCCACTGGGtatgttctgt ... atgactcaggAATGAGAAAGGGTTGTTTTATGCCTTGGATCTCGGAGGAACCAACTTCCGT
EST: GGCCCGGGCTTCCCATGATACCCAGCTATGTTGAAAATCTTCCCACTGGG AATGAGAAAGGGTTGTTTTATGCCTTGGATCTCGGAGGAACCAACTTCCGTEST: gi|192326168|gb|FK016975.1|FK016975
genomic: GGCCCGGGCTTCCCATGATACCCAGCTATGTTGAAAATCTTCCCACTGGGtatgttctgt ... atgactcaggAATGAGAAAGGGTTGTTTTATGCCTTGGATCTCGGAGGAACCAACTTCCGT
EST: GGCCCGGGCTTCCCATGATACCCAGCTATGTTGAAAATCTTCCCACTGGG AATGAGAAAGGGTTGTTTTATGCCTTGGATCTCGGAGGAACCAACTTCCGTEST: gi|213596050|gb|DB956030.1|DB956030
genomic: GGCCCGGGCTTCCCATGATACCCAGCTATGTTGAAAATCTTCCCACTGGGtatgttctgt ... atgactcaggAATGAGAAAGGGTTGTTTTATGCCTTGGATCTCGGAGGAACCAACTTCCGT
EST: GGCCCGGGCTTCCCATGATACCCAGCTATGTTGAAAATCTTCCCACTGGG AATGAGAAAGGGTTGTTTTATGCCTTGGATCTCGGAGGAACCAACTTCCGTEST: gi|7232759|gb|AW568112.1|AW568112
genomic: GGCCCGGGCTTCCCATGATACCCAGCTATGTTGAAAATCTTCCCACTGGGtatgttctgt ... atgactcaggAATGAGAAAGGGTTGTTTTATGCCTTGGATCTCGGAGGAACCAACTTCCGT
EST: GGCCCGGGCTTCCCATGATACCCAGCTATGTTGAAAATCTTCCCACTGGG AATGAGAAAGGGTTGTTTTATGCCTTGGATCTCGGAGGAACCAACTTCCGT
genomic: GGCCCGGGCTTCCCATGATACCCAGCTATGTTGAAAATCTTCCCACTGGGtatgttctgt ... atgactcaggAATGAGAAAGGGTTGTTTTATGCCTTGGATCTCGGAGGAACCAACTTCCGT
gttatgttccacaatgttaatgatttattattgttgtgacatgacatgactcaggAATGAGAAAGGGTTGTTTTATGCCTTGGATCTCGGAGGAACCAACTTCCGTGTGCTGAGGGTGCAGTTGGGTGGCAAAGATGAGCGTGTCATTGCCACCG
tgttaat putative branch site (score: 3)
aatgttaatgatttat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tatgttctgttcccttcccagctttccttattattgttatgttccacaatgttaatgatttattattgttgtgacatgacatgactcaggAATGAGAAAGGGTTGTTTTATGCCTTGGATCTCGGAGGAACCAACTTCCGTGTGCTGAGGGTGCAGTTGGGTGGCAAAGATGAGCGTGTCATTGCCACCG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG