Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...aagaaagaaagatatataacaaaaaattgaaatgtatattctaatatgtattgaaaacaaaattgatccctttttgctgcaatggttaattttatgacagCATGAGAAGCATGAGGCCAAGAAAGACCCAGAGCATGCTCACAGGCACAAGGTAGAAGAGGAGATTGCGGCAGCAGCTACTGTTGGTGCTGGTGGTTTTG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA16G28150.1
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA16G28150.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
lower sequence: Vv18s0072g00380.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 1
aagaaagaaagatatataacaaaaaattgaaatgtat--attctaatatgtattgaaaacaaaattgatccctttttgctgcaatggttaattttatgacagCATGAGAAGCATGAGGCCAAGAAAGACCCAGAGCATGCTCACAGGCACAAGGTAGAAGAGGAGATTGCGGCAGCAGCTACTGTTGGTGCTGGTGGTTTTG
   || |     | | | |  ||   |  |||| | |   || ||||   | ||  | | |  |   ||  ||| | |     ||| |   ||  || | |||||||||||||  || |  |||||||||| |||||||| |||| ||||||| ||||||| |||||||| || || ||| | || || ||||| || || |
-gtaatgccccgtgtgtcatgaagtttgaaaatatttttgttttaattaattttatacaaaggaactatttcttatcgtcttgatgat-gcttgaattatagCATGAGAAGCACAAGTCGGAGAAAGACCCTGAGCATGCCCACAAGCACAAGATAGAAGAAGAGATTGCCGCGGCTGCTGCAGTGGGAGCTGGCGGGTTCG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|6566497|gb|AW234142.1|AW234142
EST:     TTGAGCACCTTGGGGAACTTGGTGCTGCAGCTGCCGGTGCTTATGCCTTG                         CATGAGAAGCATGAGGCCAAGAAAGACCCAGAGCATGCTCACAGGCACAAG
genomic: TTGAGCACCTTGGGGAACTTGGTGCTGCGGCTGCCGGTGCTTATGCCTTGgtaattaatt ... tttatgacagCATGAGAAGCATGAGGCCAAGAAAGACCCAGAGCATGCTCACAGGCACAAG
EST: gi|15664922|gb|BI702293.1|BI702293
EST:     TTGAGCACCTTGGGGAACTTGGTGCTGCAGCTGCCGGTGCTTATGCCTTG                         CATGAGAAGCATGAGGCCAAGAAAGACCCAGAGCATGCTCACAGGCACAAG
genomic: TTGAGCACCTTGGGGAACTTGGTGCTGCGGCTGCCGGTGCTTATGCCTTGgtaattaatt ... tttatgacagCATGAGAAGCATGAGGCCAAGAAAGACCCAGAGCATGCTCACAGGCACAAG
EST: gi|11687755|gb|BF595431.1|BF595431
EST:     TTGAGCACCTTGGGGAACTTGGTGCTGCGGCTGCCGGTGCTTATGCCTTG                         CATGAGAAGCATGAGGCCAAGAAAGACCCAGAGCATGCTCACAGGCACAAG
genomic: TTGAGCACCTTGGGGAACTTGGTGCTGCGGCTGCCGGTGCTTATGCCTTGgtaattaatt ... tttatgacagCATGAGAAGCATGAGGCCAAGAAAGACCCAGAGCATGCTCACAGGCACAAG
EST: gi|5508953|gb|AI855511.1|AI855511
EST:     TTGAGCACCTTGGGGAACTTGGTGCTGCGGCTGCCGGTGCTTATGCCTTG                         CATGAGAAGCATGAGGCCAAGAAAGACCCAGAGCATGCTCACAGGCACAAG
genomic: TTGAGCACCTTGGGGAACTTGGTGCTGCGGCTGCCGGTGCTTATGCCTTGgtaattaatt ... tttatgacagCATGAGAAGCATGAGGCCAAGAAAGACCCAGAGCATGCTCACAGGCACAAG
EST: gi|4296382|gb|AI442467.1|AI442467
EST:     GGTGCTTATGCCTTG                         CATGAGAAGCATGAGGCCAAGAAAGACCCAGAGCATGCTCACAGGCACAAG
genomic: GGTGCTTATGCCTTGgtaattaatt ... tttatgacagCATGAGAAGCATGAGGCCAAGAAAGACCCAGAGCATGCTCACAGGCACAAG
EST: gi|23729650|gb|BU762922.1|BU762922
EST:     TTGAGCACCTTGGGGAACTTGGTGCTGCAGCTGCCGGTGCTTATGCCTTG                         CATGAGAAGCATGAGGCCAAGAAAGACCCAGAGCATGCTCACAGGCACAAG
genomic: TTGAGCACCTTGGGGAACTTGGTGCTGCGGCTGCCGGTGCTTATGCCTTGgtaattaatt ... tttatgacagCATGAGAAGCATGAGGCCAAGAAAGACCCAGAGCATGCTCACAGGCACAAG
EST: gi|21255950|gb|BQ452838.1|BQ452838
EST:     TTGAGCACCTTGGGGAACTTGGTGCTGCAGCTGCCGGTGCTTATGCCTTG                         CATGAGAAGCATGAGGCCAAGAAAGACCCAGAGCATGCTCACAGGCACAAG
genomic: TTGAGCACCTTGGGGAACTTGGTGCTGCGGCTGCCGGTGCTTATGCCTTGgtaattaatt ... tttatgacagCATGAGAAGCATGAGGCCAAGAAAGACCCAGAGCATGCTCACAGGCACAAG
EST: gi|21256160|gb|BQ453048.1|BQ453048
EST:     TTGAGCACCTTGGGGAACTTGGTGCTGCAGCTGCCGGTGCTTATGCCTTG                         CATGAGAAGCATGAGGCCAAGAAAGACCCAGAGCATGCTCACAGGCACAAG
genomic: TTGAGCACCTTGGGGAACTTGGTGCTGCGGCTGCCGGTGCTTATGCCTTGgtaattaatt ... tttatgacagCATGAGAAGCATGAGGCCAAGAAAGACCCAGAGCATGCTCACAGGCACAAG
EST: gi|26058593|gb|CA801507.1|CA801507
EST:     TTGAGCACCTTGGGGAACTTGGTGCTGCGGCTGCCGGTGCTTATGCCTTG                         CATGAGAAGCATGAGGCCAAGAAAGACCCAGAGCATGCTCACAGGCACAAG
genomic: TTGAGCACCTTGGGGAACTTGGTGCTGCGGCTGCCGGTGCTTATGCCTTGgtaattaatt ... tttatgacagCATGAGAAGCATGAGGCCAAGAAAGACCCAGAGCATGCTCACAGGCACAAG
EST: gi|6501912|gb|AW203285.1|AW203285
EST:     TTGAGCACCTTGGGGAACTTGGTGCTGCAGCTGCCGGTGCTTATGCCTTG                         CATGAGAAGCATGAGGCCAAGAAAGACCCAGAGCATGCTCACAGGCACAAG
genomic: TTGAGCACCTTGGGGAACTTGGTGCTGCGGCTGCCGGTGCTTATGCCTTGgtaattaatt ... tttatgacagCATGAGAAGCATGAGGCCAAGAAAGACCCAGAGCATGCTCACAGGCACAAG
EST: gi|23734148|gb|BU765297.1|BU765297
EST:     TTGAGCACCTTGGGGAACTTGGTGCTGCAGCTGCCGGTGCTTATGCCTTG                         CATGAGAAGCATGAGGCCAAGAAAGACCCAGAGCATGCTCACAGGCACAAG
genomic: TTGAGCACCTTGGGGAACTTGGTGCTGCGGCTGCCGGTGCTTATGCCTTGgtaattaatt ... tttatgacagCATGAGAAGCATGAGGCCAAGAAAGACCCAGAGCATGCTCACAGGCACAAG
EST: gi|6912985|gb|AW394573.1|AW394573
EST:     ACCTTGGGGAACTTGGTGCTGCGGCTGCCGGTGCTTATGCCTTG                         CATGAGAAGCATGAGGCCAAGAAAGACCCAGAGCATGCTCACAGGCACAAG
genomic: ACCTTGGGGAACTTGGTGCTGCGGCTGCCGGTGCTTATGCCTTGgtaattaatt ... tttatgacagCATGAGAAGCATGAGGCCAAGAAAGACCCAGAGCATGCTCACAGGCACAAG
EST: gi|6502042|gb|AW203415.1|AW203415
EST:     TTGAGCACCTTGGGGAACTTGGTGCTGCAGCTGCCGGTGCTTATGCCTTG                         CATGAGAAGCATGAGGCCAAGAAAGACCCAGAGCATGCTCACAGGCACAAG
genomic: TTGAGCACCTTGGGGAACTTGGTGCTGCGGCTGCCGGTGCTTATGCCTTGgtaattaatt ... tttatgacagCATGAGAAGCATGAGGCCAAGAAAGACCCAGAGCATGCTCACAGGCACAAG
EST: gi|7924541|gb|AW830567.1|AW830567
EST:     TTGAGCACCTTGGGGAACTTGGTGCTGCAGCTGCCGGTGCTTATGCCTTG                         CATGAGAAGCATGAGGCCAAGAAAGACCCAGAGCATGCTCACAGGCACAAG
genomic: TTGAGCACCTTGGGGAACTTGGTGCTGCGGCTGCCGGTGCTTATGCCTTGgtaattaatt ... tttatgacagCATGAGAAGCATGAGGCCAAGAAAGACCCAGAGCATGCTCACAGGCACAAG
EST: gi|15663064|gb|BI700435.1|BI700435
EST:     TTGAGCACCTTGGGGAACTTGGTGCTGCGGCTGCCGGTGCTTATGCCTTG                         CATGAGAAGCATGAGGCCAAGAAAGACCCAGAGCATGCTCACAGGCACAAG
genomic: TTGAGCACCTTGGGGAACTTGGTGCTGCGGCTGCCGGTGCTTATGCCTTGgtaattaatt ... tttatgacagCATGAGAAGCATGAGGCCAAGAAAGACCCAGAGCATGCTCACAGGCACAAG
EST: gi|254321006|gb|GR827455.1|GR827455
EST:     TTGAGCACCTTGGGGAACTTGGTGCTGCGGCTGCCGGTGCTTATGCCTTG                         CATGAGAAGCATGAGGCCAAGAAAGACCCAGAGCATGCTCACAGGCACAAG
genomic: TTGAGCACCTTGGGGAACTTGGTGCTGCGGCTGCCGGTGCTTATGCCTTGgtaattaatt ... tttatgacagCATGAGAAGCATGAGGCCAAGAAAGACCCAGAGCATGCTCACAGGCACAAG
EST: gi|15337652|gb|BI498308.1|BI498308
EST:     TTGAGCACCTTGGGGAACTTGGTGCTGCAGCTGCCGGTGCTTATGCCTTG                         CATGAGAAGCATGAGGCCAAGAAAGACCCAGAGCATGCTCACAGGCACAAG
genomic: TTGAGCACCTTGGGGAACTTGGTGCTGCGGCTGCCGGTGCTTATGCCTTGgtaattaatt ... tttatgacagCATGAGAAGCATGAGGCCAAGAAAGACCCAGAGCATGCTCACAGGCACAAG
EST: gi|6724727|gb|AW309126.1|AW309126
EST:     TTGAGCACCTTGGGGAACTTGGTGCTGCGGCTGCCGGTGCTTATGCCTTG                         CATGAGAAGCATGAGGCCAAGAAAGACCCAGAGCATGCTCACAGGCACAAG
genomic: TTGAGCACCTTGGGGAACTTGGTGCTGCGGCTGCCGGTGCTTATGCCTTGgtaattaatt ... tttatgacagCATGAGAAGCATGAGGCCAAGAAAGACCCAGAGCATGCTCACAGGCACAAG
EST: gi|4313523|gb|AI460642.1|AI460642
EST:     CTTGGGGAACTTGGTGCTGCGGCTGCCGGTGCTTATGCCTTG                         CATGAGAAGCATGAGGCCAAGAAAGACCCAGAGCATGCTCACAGGCACAAG
genomic: CTTGGGGAACTTGGTGCTGCGGCTGCCGGTGCTTATGCCTTGgtaattaatt ... tttatgacagCATGAGAAGCATGAGGCCAAGAAAGACCCAGAGCATGCTCACAGGCACAAG
EST: gi|209705581|gb|BW653059.1|BW653059
EST:     TTGAGCACCTTGGGGAACTTGGTGCTGCAGCTGCCGGTGCTTATGCCTTG                         CATGAGAAGCATGAGGCCAAGAAAGACCCAGAGCATGCTCACAGGCACAAG
genomic: TTGAGCACCTTGGGGAACTTGGTGCTGCGGCTGCCGGTGCTTATGCCTTGgtaattaatt ... tttatgacagCATGAGAAGCATGAGGCCAAGAAAGACCCAGAGCATGCTCACAGGCACAAG
EST: gi|6566323|gb|AW233996.1|AW233996
EST:     TTGAGCACCTTGGGGAACTTGGTGCTGCAGCTGCCGGTGCTTATGCCTTG                         CATGAGAAGCATGAGGCCAAGAAAGACCCAGAGCATGCTCACAGGCACAAG
genomic: TTGAGCACCTTGGGGAACTTGGTGCTGCGGCTGCCGGTGCTTATGCCTTGgtaattaatt ... tttatgacagCATGAGAAGCATGAGGCCAAGAAAGACCCAGAGCATGCTCACAGGCACAAG
EST: gi|27427005|gb|CA938525.1|CA938525
EST:     TTGAGCACCTTGGGGAACTTGGTGCTGCAGCTGCCGGTGCTTATGCCTTG                         CATGAGAAGCATGAGGCCAAGAAAGACCCAGAGCATGCTCACAGGCACAAG
genomic: TTGAGCACCTTGGGGAACTTGGTGCTGCGGCTGCCGGTGCTTATGCCTTGgtaattaatt ... tttatgacagCATGAGAAGCATGAGGCCAAGAAAGACCCAGAGCATGCTCACAGGCACAAG
EST: gi|15204039|gb|BI426807.1|BI426807
EST:     TTGAGCACCTTGGGGAACTTGGTGCTGCAGCTGCCGGTGCTTATGCCTTG                         CATGAGAAGCATGAGGCCAAGAAAGACCCAGAGCATGCTCACAGGCACAAG
genomic: TTGAGCACCTTGGGGAACTTGGTGCTGCGGCTGCCGGTGCTTATGCCTTGgtaattaatt ... tttatgacagCATGAGAAGCATGAGGCCAAGAAAGACCCAGAGCATGCTCACAGGCACAAG
EST: gi|10231254|gb|BE800142.1|BE800142
EST:     TTGAGCACCTTGGGGAACTTGGTGCTGCGGCTGCCGGTGCTTATGCCTTG                         CATGAGAAGCATGAGGCCAAGAAAGACCCAGAGCATGCTCACAGGCACAAG
genomic: TTGAGCACCTTGGGGAACTTGGTGCTGCGGCTGCCGGTGCTTATGCCTTGgtaattaatt ... tttatgacagCATGAGAAGCATGAGGCCAAGAAAGACCCAGAGCATGCTCACAGGCACAAG
EST: gi|213587131|gb|DB955465.1|DB955465
EST:     TTGAGCACCTTGGGGAACTTGGTGCTGCAGCTGCCGGTGCTTATGCCTTG                         CATGAGAAGCATGAGGCCAAGAAAGACCCAGAGCATGCTCACAGGCACAAG
genomic: TTGAGCACCTTGGGGAACTTGGTGCTGCGGCTGCCGGTGCTTATGCCTTGgtaattaatt ... tttatgacagCATGAGAAGCATGAGGCCAAGAAAGACCCAGAGCATGCTCACAGGCACAAG
EST: gi|23728883|gb|BU762510.1|BU762510
EST:     TTGAGCACCTTGGGGAACTTGGTGCTGCAGCTGCCGGTGCTTATGCCTTG                         CATGAGAAGCATGAGGCCAAGAAAGACCCAGAGCATGCTCACAGGCACAAG
genomic: TTGAGCACCTTGGGGAACTTGGTGCTGCGGCTGCCGGTGCTTATGCCTTGgtaattaatt ... tttatgacagCATGAGAAGCATGAGGCCAAGAAAGACCCAGAGCATGCTCACAGGCACAAG
EST: gi|8283671|gb|BE021230.1|BE021230
EST:     TTGAGCACCTTGGGGAACTTGGTGCTGCAGCTGCCGGTGCTTATGCCTTG                         CATGAGAAGCATGAGGCCAAGAAAGACCCAGAGCATGCTCACAGGCACAAG
genomic: TTGAGCACCTTGGGGAACTTGGTGCTGCGGCTGCCGGTGCTTATGCCTTGgtaattaatt ... tttatgacagCATGAGAAGCATGAGGCCAAGAAAGACCCAGAGCATGCTCACAGGCACAAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atgtattgaaaacaaaattgatccctttttgctgcaatggttaattttatgacagCATGAGAAGCATGAGGCCAAGAAAGACCCAGAGCATGCTCACAGGCACAAGGTAGAAGAGGAGATTGCGGCAGCAGCTACTGTTGGTGCTGGTGGTTTTG
                                      ggttaat  putative branch site (score: 4)
                                   aatggttaattttat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
aagaaagaaagatatataacaaaaaattgaaatgtatattctaatatgtattgaaaacaaaattgatccctttttgctgcaatggttaattttatgacagCATGAGAAGCATGAGGCCAAGAAAGACCCAGAGCATGCTCACAGGCACAAGGTAGAAGAGGAGATTGCGGCAGCAGCTACTGTTGGTGCTGGTGGTTTTG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGTGG
- -aaagaaa
- - - - - - - - - - aaaaaat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaacaaa