Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtacttttttttttttgtgtttattgaactgttttccctttgagaaatttagtgaagttgcattattttgggttgttgaagGTATGTGACGGTGGATAAGAGTCATGGGAGGAACTTGTACTACTATTTTGTTGAATCAGAGGGTAAACCTTCCGAGGACCCTGTGGTTCTGTGGCTTAAT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA16G09320.1
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|192298430|gb|FG989166.1|FG989166
EST:     ACACAGATTCCTGGCTTCAGTGGCACTCTACCTTCCAAGCACTATGCTGG                         GTATGTGACGGTGGATAAGAGTCATGGGAGGAACTTGTACTACTATTTGGT
genomic: ACACAGATTCCTGGCTTCAGTGGCACTCTACCTTCCAAGCACTATGCTGGgtactttttt ... gttgttgaagGTATGTGACGGTGGATAAGAGTCATGGGAGGAACTTGTACTACTATTTTGT
EST: gi|193361293|gb|FK324285.1|FK324285
EST:     ACACAGATTCCTGGCTTCAGTGGCACTCTACCTTCCAAGCACTATGCTGG                         GTATGTGACGGTGGATAAGAGTCATGGGAGGAACTTGTACTACTATTTTGT
genomic: ACACAGATTCCTGGCTTCAGTGGCACTCTACCTTCCAAGCACTATGCTGGgtactttttt ... gttgttgaagGTATGTGACGGTGGATAAGAGTCATGGGAGGAACTTGTACTACTATTTTGT
EST: gi|193658111|gb|FK601578.1|FK601578
EST:     ACACAGATTCCTGGCTTCAGTGGCACTCTACCTTCCAAGCACTATGCTGG                         GTATGTGACGGTGGATAAGAGTCATGGGAGGAACTTGTACTACTATTTTGT
genomic: ACACAGATTCCTGGCTTCAGTGGCACTCTACCTTCCAAGCACTATGCTGGgtactttttt ... gttgttgaagGTATGTGACGGTGGATAAGAGTCATGGGAGGAACTTGTACTACTATTTTGT
EST: gi|208230857|gb|GE034824.1|GE034824
EST:     ACACAGATTCCTGGCTTCAGTGGCACTCTACCTTCCAAGCACTATGCTGG                         GTATGTGACGGTGGATAAGAGTCATGGGAGGAACTTGTACTACTATTTTGT
genomic: ACACAGATTCCTGGCTTCAGTGGCACTCTACCTTCCAAGCACTATGCTGGgtactttttt ... gttgttgaagGTATGTGACGGTGGATAAGAGTCATGGGAGGAACTTGTACTACTATTTTGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aactgttttccctttgagaaatttagtgaagttgcattattttgggttgttgaagGTATGTGACGGTGGATAAGAGTCATGGGAGGAACTTGTACTACTATTTTGTTGAATCAGAGGGTAAACCTTCCGAGGACCCTGTGGTTCTGTGGCTTAAT
                                   attatttt  TA-rich tract