Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...atgaattaagcaagcatgttgcctagtttttagaaattgaaccatgatgatgtgctgctttgagaggtctttctaatcacaatgtttatgttgtttccagCTCAATGCAGATAAGAGTCCTTTTCAGCGGACCTATGCAGCTCAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA11G12120.1
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|213590384|gb|DB971532.1|DB971532
EST:     ACCGCACTGTCTCCTACCTCGGCGACCTTGGCCTCCTTCAGTTCAAAGAT                         CTCAATGCAGATAAGAGTCCTTTTCAGCGGACCTATGCAGCTCAG
genomic: ACCGCACTGTCTCCTACCTCGGCGACCTTGGCCTCCTTCAGTTCAAAGATgtcagtactc ... ttgtttccagCTCAATGCAGATAAGAGTCCTTTTCAGCGGACCTATGCAGCTCAG
EST: gi|209729738|gb|BW669838.1|BW669838
EST:     ACCGCACTGTCTCCTACCTCGGCGACCTTGGCCTCCTTCAGTTCAAAGAT                         CTCAATGCAGATAAGAGTCCTTTTCAGCGGACCTATGCAGCTCAG
genomic: ACCGCACTGTCTCCTACCTCGGCGACCTTGGCCTCCTTCAGTTCAAAGATgtcagtactc ... ttgtttccagCTCAATGCAGATAAGAGTCCTTTTCAGCGGACCTATGCAGCTCAG
EST: gi|209710094|gb|BW653549.1|BW653549
EST:     ACCGCACTGTCTCCTACCTCGGCGACCTTGGCCTCCTTCAGTTCAAAGAT                         CTCAATGCAGATAAGAGTCCTTTTCAGCGGACCTATGCAGCTCAG
genomic: ACCGCACTGTCTCCTACCTCGGCGACCTTGGCCTCCTTCAGTTCAAAGATgtcagtactc ... ttgtttccagCTCAATGCAGATAAGAGTCCTTTTCAGCGGACCTATGCAGCTCAG
EST: gi|208281661|gb|GE078107.1|GE078107
EST:     ACCGCACTGTCTCCTACCTCGGCGACCTTGGCCTCCTTCAGTTCAAAGAT                         CTCAATGCAGATAAGAGTCCTTTTCAGCGGACCTATGCAGCTCAG
genomic: ACCGCACTGTCTCCTACCTCGGCGACCTTGGCCTCCTTCAGTTCAAAGATgtcagtactc ... ttgtttccagCTCAATGCAGATAAGAGTCCTTTTCAGCGGACCTATGCAGCTCAG
EST: gi|209712503|gb|BW653686.1|BW653686
EST:     ACCGCACTGTCTCCTACCTCGGCGACCTTGGCCTCCTTCAGTTCAAAGAT                         CTCAATGCAGATAAGAGTCCTTTTCAGCGGACCTATGCAGCTCAG
genomic: ACCGCACTGTCTCCTACCTCGGCGACCTTGGCCTCCTTCAGTTCAAAGATgtcagtactc ... ttgtttccagCTCAATGCAGATAAGAGTCCTTTTCAGCGGACCTATGCAGCTCAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gatgatgtgctgctttgagaggtctttctaatcacaatgtttatgttgtttccagCTCAATGCAGATAAGAGTCCTTTTCAGCGGACCTATGCAGCTCAG
                         ttctaat  putative branch site (score: 2)
                                             ttgtttcc  putative PPT
                                   aatgtttat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
atgaattaagcaagcatgttgcctagtttttagaaattgaaccatgatgatgtgctgctttgagaggtctttctaatcacaatgtttatgttgtttccagCTCAATGCAGATAAGAGTCCTTTTCAGCGGACCTATGCAGCTCAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTCA
- - - - - - -gcatgtt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ccatgat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gtgctgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aatcaca