1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...tcatctggtagaatgaggttttgtcgttgttgttttttatttagttacttgtgttggaacttgaagtgtaagaaatcttgtgaatgttgttttgttgcagGCCAAGATGGGGATAAGTTGAGTTTGATCAAGCTTGCTAGCTTAATTGAAGTGTCTGCGAAGAAAGGGACTCGTGATCTCAAACTGCAGAACAAGTTAAT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA01G36110.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATCAAAAGCTAGTATCTTGGATTCATCGTTAAAACCTACATCAACTGCAG GCCAAGATGGGGATAAGTTGAGTTTGATCAAGCTTGCTAGCTTAATTGAAG
genomic: ATCAAAAGCTAGTATCTTGGATTCATCGTTAAAACCTACATCAACTGCAGgtatccgtat ... tttgttgcagGCCAAGATGGGGATAAGTTGAGTTTGATCAAGCTTGCTAGCTTAATTGAAG
tacttgtgttggaacttgaagtgtaagaaatcttgtgaatgttgttttgttgcagGCCAAGATGGGGATAAGTTGAGTTTGATCAAGCTTGCTAGCTTAATTGAAGTGTCTGCGAAGAAAGGGACTCGTGATCTCAAACTGCAGAACAAGTTAAT
ttgtttt CT-rich tract
taagaaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tcatctggtagaatgaggttttgtcgttgttgttttttatttagttacttgtgttggaacttgaagtgtaagaaatcttgtgaatgttgttttgttgcagGCCAAGATGGGGATAAGTTGAGTTTGATCAAGCTTGCTAGCTTAATTGAAGTGTCTGCGAAGAAAGGGACTCGTGATCTCAAACTGCAGAACAAGTTAAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG
- - - - - gaatgag
- - - - - - - - - - - - -gttgttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gtgttgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgaagtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tcttgtg