1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
gtatgttctatccttatacttaaaacctttctctagaggtaagtctcaaaattgtgtgttgcttacagGGAGATGGAGATTATGAACTTGTCAAGGATGTAGAAATTGATGACTACCTTCGCCAACGAATCGCCAAG
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT5G58330.1 |
intron # | 9 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTTATGGTATTGAAGAGGGCCTTGTCTTCAGTATGCCATGCCGGTCGAAG GGAGATGGAGATTATGAACTTGTCAAGGATGTAGAAATTGATGACTACCTTEST: gi|125107010|gb|EL160399.1|EL160399
genomic: CTTATGGTATTGAAGAGGGCCTTGTCTTCAGTATGCCATGCCGGTCGAAGgtatgttcta ... ttgcttacagGGAGATGGAGATTATGAACTTGTCAAGGATGTAGAAATTGATGACTACCTT
EST: CTTATGGTATTGAAGAGGGCCTTGTCTTCAGTATGCCATGCCGGTCGAAG GGAGATAGGAGATTATGAACTTGTCAAGGATGTEST: gi|124749088|gb|EH839218.1|EH839218
genomic: CTTATGGTATTGAAGAGGGCCTTGTCTTCAGTATGCCATGCCGGTCGAAGgtatgttcta ... ttgcttacagGGAGAT-GGAGATTATGAACTTGTCAAGGATGT
EST: TTATGGTATTGAAGAGGGCCTTGTCTTCAGTATGCCATGCCGGTCGAAG GGAGATGGAGATTATGAACTTGCCAAGGATGTAGAAATTGATGACTACCTTEST: gi|86078149|gb|DR373906.1|DR373906
genomic: TTATGGTATTGAAGAGGGCCTTGTCTTCAGTATGCCATGCCGGTCGAAGgtatgttcta ... ttgcttacagGGAGATGGAGATTATGAACTTGTCAAGGATGTAGAAATTGATGACTACCTT
EST: CTTATGGTATTGAAGAGGGCCTTGTCTTCAGTATGCTATGCCGGTCGAAG GGAGATGGAGATTATGAACTTGTCAAGGATGTAGAAATTGATGACTACCTTEST: gi|86081501|gb|DR377258.1|DR377258
genomic: CTTATGGTATTGAAGAGGGCCTTGTCTTCAGTATGCCATGCCGGTCGAAGgtatgttcta ... ttgcttacagGGAGATGGAGATTATGAACTTGTCAAGGATGTAGAAATTGATGACTACCTT
EST: CTTATGGTATTGAAGAGGGCCTTGTCTTCAGTATGCCATGCCGGTCGAAG GGAGATGGAGATTATGAACTTGTCAAGGATGTAGAAATTGATGACTACCTTEST: gi|124766859|gb|EH856989.1|EH856989
genomic: CTTATGGTATTGAAGAGGGCCTTGTCTTCAGTATGCCATGCCGGTCGAAGgtatgttcta ... ttgcttacagGGAGATGGAGATTATGAACTTGTCAAGGATGTAGAAATTGATGACTACCTT
EST: CTTATGGTATTGAAGAGGGCCTTGTCTTCAGTATGCCATGCCGGTCGAAG GGAGATGGAGATTAEST: gi|116454053|gb|EG496645.1|EG496645
genomic: CTTATGGTATTGAAGAGGGCCTTGTCTTCAGTATGCCATGCCGGTCGAAGgtatgttcta ... ttgcttacagGGAGATGGAGATTA
EST: CTTATGGTATTGAAGAGGGCCTTGTCTTCAGTATGCCATACCGGTCGAAG GGAGATGGAGATTATGAACTTGTCAAGGATGTAGAAATTGATGACTACCTTEST: gi|164022412|gb|ES116807.1|ES116807
genomic: CTTATGGTATTGAAGAGGGCCTTGTCTTCAGTATGCCATGCCGGTCGAAGgtatgttcta ... ttgcttacagGGAGATGGAGATTATGAACTTGTCAAGGATGTAGAAATTGATGACTACCTT
EST: CATGCCGGTCGAAG GGAGATGGAGATTATGAACTTGTCAAGGATGTAGAAATTGATGACTACCTTEST: gi|124708397|gb|EH799799.1|EH799799
genomic: CATGCCGGTCGAAGgtatgttcta ... ttgcttacagGGAGATGGAGATTATGAACTTGTCAAGGATGTAGAAATTGATGACTACCTT
EST: GGCCTTGTCTTCAGTATGCCATGCCGGTCGAAG GGAGATGGAGATTATGAACTTGTCAAGGATGTAGAAEST: gi|124705116|gb|EH796518.1|EH796518
genomic: GGCCTTGTCTTCAGTATGCCATGCCGGTCGAAGgtatgttcta ... ttgcttacagGGAGATGGAGATTATGAACTTGTCAAGGATGTAGAA
EST: CTTATGGTATTGAAGAGGGCCTTGTCTTCAGTATGCCATGCCGGTCGAAG GGAGATGGAGATTATGAACTTGTCAAGG
genomic: CTTATGGTATTGAAGAGGGCCTTGTCTTCAGTATGCCATGCCGGTCGAAGgtatgttcta ... ttgcttacagGGAGATGGAGATTATGAACTTGTCAAGG
ttatacttaaaacctttctctagaggtaagtctcaaaattgtgtgttgcttacagGGAGATGGAGATTATGAACTTGTCAAGGATGTAGAAATTGATGACTACCTTCGCCAACGAATCGCCAAG
tcaaaatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatgttctatccttatacttaaaacctttctctagaggtaagtctcaaaattgtgtgttgcttacagGGAGATGGAGATTATGAACTTGTCAAGGATGTAGAAATTGATGACTACCTTCGCCAACGAATCGCCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG