Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gttattgttcagtctaaattctctatcttatgctatttcagaggattagtcatttagtggacagcgttgaataaaacggagattatcttcctattttcagGTAGAAGATGTAATGTCTCGTACTGCTGAAGGAGCAGCTGCCGTGCAAGATTTAGATTTTCATTCTTTAGGTTCTCAATTGAGTCCATTGGCTATG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT2G25730.1
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT2G25730.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 9
lower sequence: Vv04s0008g04520.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 10
-gttattgttcagtctaaattctctatctta-tgctatttcagaggattagtcatttagtggacagcgttgaataaaa-cggagattatcttcctattttcagGTAGAAGATGTAATGTCTCGTACTGCTGAAGGAGCAGCTGCCGTGCAAGATTTAGATTTTCATTCTTTAGGTTCTCAATTGAGTCCATTGGCTATG
  ||    ||     ||   | | ||||  | |     ||       |||  | || | |  |      ||  | |||  | | | | | |||   | |||||||||||||||   |||||||| ||||||| ||| |  |||| ||||||||||||||||||   |||||| |||| |||||  |||| ||||||   
aattgcaattttccatactatttttatccaactatggatttgtgattttacaccttcattatattctactgtctgaaagtgcaaaatgttttc---tcttcagGTAGAAGATGCTGTGTCTCGTGCTGCTGATGGAACTTCTGCTGTGCAAGATTTAGATTTTTCCTCTTTACGTTCGCAATTAGGTCCTTTGGCTGCA


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttagtcatttagtggacagcgttgaataaaacggagattatcttcctattttcagGTAGAAGATGTAATGTCTCGTACTGCTGAAGGAGCAGCTGCCGTGCAAGATTTAGATTTTCATTCTTTAGGTTCTCAATTGAGTCCATTGGCTATG
                                     ttatcttcctattttc  CT-rich tract
                     ttgaataaaa  TA-rich tract