1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
gtaactaactctcacctggttggaaaaatgaaaaactaagacttaacaaatgctgatgacaaataaatggaatacatatgatccagacgacatggaactgattgaaacttagtccagttcggtttttgaaaagaatctctataaaatgcagGCTGCAGATACAGCAAGGAGTGAACATGCCGGCAAGAGCAGAGCTGATACCGGGAAGAGAAGATAAAGAGAAGCAGATTTTACATGACTGCTGCGACGTC
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT3G09920.1 |
intron # | 7 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
actgattgaaacttagtccagttcggtttttgaaaagaatctctataaaatgcagGCTGCAGATACAGCAAGGAGTGAACATGCCGGCAAGAGCAGAGCTGATACCGGGAAGAGAAGATAAAGAGAAGCAGATTTTACATGACTGCTGCGACGTC
aactgat putative branch site (score: 3)
tctctat putative PPT
tttttgaaaagaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaactaactctcacctggttggaaaaatgaaaaactaagacttaacaaatgctgatgacaaataaatggaatacatatgatccagacgacatggaactgattgaaacttagtccagttcggtttttgaaaagaatctctataaaatgcagGCTGCAGATACAGCAAGGAGTGAACATGCCGGCAAGAGCAGAGCTGATACCGGGAAGAGAAGATAAAGAGAAGCAGATTTTACATGACTGCTGCGACGTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC