1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
gtcttttaatttctggaaattgaagtttttatttagtttcctggatttcaattgttagggaatgtgaacgtctgtgactatgttgtgtttatattccggatgcagATGACTTCTGTAAGATGCTCGAGATGCAGTCAATTGACGGTTGGCCTGAGGGATATCATCCAAGCTGGGCATGGAGATCGATATCAG
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT4G11560.1 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AAGGAGCCTGATGATGCTGATCGAATGCAG ATGACTTCTGTAAGATGCTCGAGATGCAGTCAATTGACGGTTGGCCTGAGGEST: gi|86063480|gb|DR359237.1|DR359237
genomic: AAGGAGCCTGATGATGCTGATCGAATGCAGgtcttttaat ... ccggatgcagATGACTTCTGTAAGATGCTCGAGATGCAGTCAATTGACGGTTGGCCTGAGG
EST: CTGCTGACGAGACAACAAAGAAGGAGCCTGATGATGCTGATCGAATGCAG ATGACTTCTGTAAGATGCTCGAGATGCAGTCAATTGACGGTNGNNNTGAGG
genomic: CTGCTGACGAGACAACAAAGAAGGAGCCTGATGATGCTGATCGAATGCAGgtcttttaat ... ccggatgcagATGACTTCTGTAAGATGCTCGAGATGCAGTCAATTGACGGTTGGCCTGAGG
attgttagggaatgtgaacgtctgtgactatgttgtgtttatattccggatgcagATGACTTCTGTAAGATGCTCGAGATGCAGTCAATTGACGGTTGGCCTGAGGGATATCATCCAAGCTGGGCATGGAGATCGATATCAG
tgtttatatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtcttttaatttctggaaattgaagtttttatttagtttcctggatttcaattgttagggaatgtgaacgtctgtgactatgttgtgtttatattccggatgcagATGACTTCTGTAAGATGCTCGAGATGCAGTCAATTGACGGTTGGCCTGAGGGATATCATCCAAGCTGGGCATGGAGATCGATATCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATC