Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtacgctttagtaatgatttttattagtatacttttctcatgctgtagacagtttgtaggcttgaacatgaaccagtaaattgtcttgcagGTCCGAGAAAAGTCGGCAGTTGGTAAATTAGTGGTTGATGAAATTGCAGAATTCATACGGGAATCATACTCTAACAATGAATCTGGGATAGTCTATTGTT

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G31360.1
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|164140204|gb|ES065481.1|ES065481
EST:     AATGCGTCAAATTTGTGAGCAGTGTTAACAGGCCAAATCTCTTTTACTCG                         GTCCGAGAAAAGTCGGCAGTTGGTAAATTAGTGGTTGAT
genomic: AATGCGTCAAATTTGTGAGCAGTGTTAACAGGCCAAATCTCTTTTACTCGgtacgcttta ... tgtcttgcagGTCCGAGAAAAGTCGGCAGTTGGTAAATTAGTGGTTGAT






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctcatgctgtagacagtttgtaggcttgaacatgaaccagtaaattgtcttgcagGTCCGAGAAAAGTCGGCAGTTGGTAAATTAGTGGTTGATGAAATTGCAGAATTCATACGGGAATCATACTCTAACAATGAATCTGGGATAGTCTATTGTT
                                            ttgtctt  CT-rich tract
                                      agtaaatt  TA-rich tract