1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...caaggtcttgataatgttatggggatattacggtttttggggatattttgaggaagtgtgatggttattttgctcggctttgttgggtttgcggtttcagAATACTGTGAGAAGTATGCAAAGCCAGGGGAAGGTTCAGAAGATAAGTCTAGCGATGAAGAACTAAGTGAAGAGGAATACGGCTCAGATAATGAGGATGA
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT5G41340.1 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGAGCAACGAGTTAAAG AATACTGTGAGAAGTATGCAAAGCCAGGGGAAGGTTCAGAAGATAAGTCTAEST: gi|125015782|gb|EL088051.1|EL088051
genomic: TGAGCAACGAGTTAAAGgtaagtcgac ... gcggtttcagAATACTGTGAGAAGTATGCAAAGCCAGGGGAAGGTTCAGAAGATAAGTCTA
EST: TGCTGCGTTAATGATGCGTGATCGTCCTGCTTATGAGCAACGAGTTAAAG AATACTGTGAGAAGTEST: gi|164103901|gb|ES180007.1|ES180007
genomic: TGCTGCGTTAATGATGCGTGATCGTCCTGCTTATGAGCAACGAGTTAAAGgtaagtcgac ... gcggtttcagAATACTGTGAGAAGT
EST: GCTTATGAGCAACGAGTTAAAG AATACTGTGAGAAGTATGCAAAGCCAGGGGAAG-TTCAGAAGATAAGTCTA
genomic: GCTTATGAGCAACGAGTTAAAGgtaagtcgac ... gcggtttcagAATACTGTGAGAAGTATGCAAAGCCAGGGGAAGGTTCAGAAGATAAGTCTA
ttttgaggaagtgtgatggttattttgctcggctttgttgggtttgcggtttcagAATACTGTGAGAAGTATGCAAAGCCAGGGGAAGGTTCAGAAGATAAGTCTAGCGATGAAGAACTAAGTGAAGAGGAATACGGCTCAGATAATGAGGATGA
ttatttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| caaggtcttgataatgttatggggatattacggtttttggggatattttgaggaagtgtgatggttattttgctcggctttgttgggtttgcggtttcagAATACTGTGAGAAGTATGCAAAGCCAGGGGAAGGTTCAGAAGATAAGTCTAGCGATGAAGAACTAAGTGAAGAGGAATACGGCTCAGATAATGAGGATGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - gtttttg