1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
gtgagcaaatcttatattttctttgattacgagattaaatcctatatgtttcaatccataaagagacaatctctatcgaatttatatagtgaaaactgcttctctttctatggttcagATATGTTTTGGACTCGGAGCACGTGAAGAAGTTTTTTTACTACATACAGCTTCCCAATTTCGACATTGCTGCTGATGCTGCTGCAACTTTTAAG
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT4G17270.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CACTATGGTACTATGTTTAGAGAGTGCATCCGTCATCAGATTGTTGCAAA ATATGTTTTGGACTCGGAGCACGTGAAGAAGTTTEST: gi|116482972|gb|EG525564.1|EG525564
genomic: CACTATGGTACTATGTTTAGAGAGTGCATCCGTCATCAGATTGTTGCAAAgtgagcaaat ... tatggttcagATATGTTTTGGACTCGGAGCACGTGAAGAAGTTT
EST: GCGAGGAAAGATGCTACACAAGTTGTTGCAAATCTTCAGAGGCAACAAGTCAATTCACGTCTTATTGCTGCTGATTATCTTGAATCCAACATTGATCTTATGGATTTTEST: gi|164020801|gb|ES108571.1|ES108571
genomic: GCGAGGAAAGATGCTACACAAGTTGTTGCAAATCTTCAGAGGCAACAAGTCAATTCACGTCTTATTGCTGCTGATTATCTTGAATCCAACATTGATCTTATGGATTTT
EST: CACTATGGTACTATGTTTAGAGAGTGCATCCGTCATCAGATTGTTGCAAA ATATGTTTTGGACTCGGAGCACGTGAAGAAGTTTTTEST: gi|86070913|gb|DR366670.1|DR366670
genomic: CACTATGGTACTATGTTTAGAGAGTGCATCCGTCATCAGATTGTTGCAAAgtgagcaaat ... tatggttcagATATGTTTTGGACTCGGAGCACGTGAAGAAGTTTTT
EST: GCGAGGAAAGATGCTACACAAGTTGTTGCAAATCTTCAGAGGCAACAAGTCAATTCACGTCTTATTGCTGCTGATTATCTTGAATCCAACATTGATCTTATGGATTTT
genomic: GCGAGGAAAGATGCTACACAAGTTGTTGCAAATCTTCAGAGGCAACAAGTCAATTCACGTCTTATTGCTGCTGATTATCTTGAATCCAACATTGATCTTATGGATTTT
agacaatctctatcgaatttatatagtgaaaactgcttctctttctatggttcagATATGTTTTGGACTCGGAGCACGTGAAGAAGTTTTTTTACTACATACAGCTTCCCAATTTCGACATTGCTGCTGATGCTGCTGCAACTTTTAAG
ctgcttctctttctat CT-rich tract
aatttatatagtgaaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtgagcaaatcttatattttctttgattacgagattaaatcctatatgtttcaatccataaagagacaatctctatcgaatttatatagtgaaaactgcttctctttctatggttcagATATGTTTTGGACTCGGAGCACGTGAAGAAGTTTTTTTACTACATACAGCTTCCCAATTTCGACATTGCTGCTGATGCTGCTGCAACTTTTAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC