Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   		34  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtacttaagttaccttttcttcgctattagccaagccactaaacgcatctaaaactttgaatttttctgttgattttcagGTTAATAATTAGTTTGAAAAGAGAAAACAGTTTAATACCAAAGGTGGCTTTTAGTGGTACTTGTGAATACGTTTACCTCTTTTCTCTCAGTATTTTCGCA

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT4G29900.1
intron # 34
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|19743297|gb|AU228650.1|AU228650
EST:     TCCGGTTAGTCAATACTTTAGAATAAACCGGTGGAGAAGGAACTCATCAG                         GTTAATAATTAGTTTGAAAAGAGAAAACAGTTTAATACCAAAGGTGGCTTT
genomic: TCCGGTTAGTCAATACTTTAGAATAAACCGGTGGAGAAGGAACTCATCAGgtacttaagt ... tgattttcagGTTAATAATTAGTTTGAAAAGAGAAAACAGTTTAATACCAAAGGTGGCTTT
EST: gi|125313509|gb|EL327594.1|EL327594
EST:     TCCGGTTAGTCAATACTTTAGAATAAACCGGTGGAGAAGGAACTCATCAG                         GTTAATAATTAGTTTGAAAAGAGAAAACAGTTTAATACCAAAGGTGG
genomic: TCCGGTTAGTCAATACTTTAGAATAAACCGGTGGAGAAGGAACTCATCAGgtacttaagt ... tgattttcagGTTAATAATTAGTTTGAAAAGAGAAAACAGTTTAATACCAAAGGTGG
EST: gi|125194512|gb|EL209466.1|EL209466
EST:     TCCGGTTAGTCAATACTTTAGAATAAACCGGTGGAGAAGGAACTCATCAG                         GTTAATAATTAGTTTGAAAAGAGAAAACAGTTTAATACCAAAGGTGGCTTT
genomic: TCCGGTTAGTCAATACTTTAGAATAAACCGGTGGAGAAGGAACTCATCAGgtacttaagt ... tgattttcagGTTAATAATTAGTTTGAAAAGAGAAAACAGTTTAATACCAAAGGTGGCTTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

attagccaagccactaaacgcatctaaaactttgaatttttctgttgattttcagGTTAATAATTAGTTTGAAAAGAGAAAACAGTTTAATACCAAAGGTGGCTTTTAGTGGTACTTGTGAATACGTTTACCTCTTTTCTCTCAGTATTTTCGCA
                                    tttttctgtt  CT-rich tract
                        taaaactttgaatttt  TA-rich tract