Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   		34  
 5'  3'   		35  
 5'  3'   		36  
 5'  3'   		37  
 5'  3'   		38  
 5'  3'   		39  
 5'  3'   		40  
 5'  3'   
41  
 5'  3'   		42  
 5'  3'   		43  
 5'  3'   		44  
 5'  3'   		45  
 5'  3'   		46  
 5'  3'   		47  
 5'  3'   		48  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ctgtagttggagcctatcctcaactggttatagatactagatttgtttctttggtatttttagttataattaattatctttcttcaaacttttgacacagGTGATTTATTCAGAGGAGGATCGGAAGCTCAACAAAGATATTACTATTGGTCTTATCCAGCGTGAGTTGCTTAGCCTAGCGGAGTACAATGTCCACATGG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G02080.2
intron # 34
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|124866873|gb|EH951310.1|EH951310
EST:     TTGTTATCCGTGATGTTTGCAAGCGTGTTGTTAAAGAGCTCACTAGTTGG                         GTGATTTATTCAGAGGAGGATC
genomic: TTGCTATCCGTGATGTTTGCAAGCGTGTTGTTAAAGAGCTCACTAGTTGGgtatgtttac ... tttgacacagGTGATTTATTCAGAGGAGGATC
EST: gi|19875482|gb|AU236313.1|AU236313
EST:     GCGTGTTGTTAAAGAGCTCACTAGTTGG                         GTGATTTATTCAGAGGAGGATCCGGAAGCTCAACAAAGATATTACTATTGG
genomic: GCGTGTTGTTAAAGAGCTCACTAGTTGGgtatgtttac ... tttgacacagGTGATTTATTCAGAGGAGGAT-CGGAAGCTCAACAAAGATATTACTATTGG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttctttggtatttttagttataattaattatctttcttcaaacttttgacacagGTGATTTATTCAGAGGAGGATCGGAAGCTCAACAAAGATATTACTATTGGTCTTATCCAGCGTGAGTTGCTTAGCCTAGCGGAGTACAATGTCCACATGG
                                            ttttgac  putative branch site (score: 3)
                                           ctttt  CT-rich tract
         tatttttagttataat  TA-rich tract