Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtctgcttctcaactttatttccgttaacctgaattcagcgaaataaacacaagaattagactaatatagttaattttttggactaaacatcacattctttggcttgcagGTATTCCAATCTTCTGAAGGTCAATGTTCCTGGAAGAGATACTCCTTCAGATGCTCAATCCCGCCTTTTGGAAATTCTTTCTCATTAATGTCAAAGCCAT

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G10380.1
intron # 26
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|124752243|gb|EH842373.1|EH842373
EST:     TAGCAGAACACGAACC-AATGTTTACACCCACAGA                         GTATTCCAATCTTCTGAAGGTCAATGTTCCTGGAAGAGATACTCCTTCAGA
genomic: TAGCAGAACACG-ACCAAATGTTTACACCCACAGAgtctgcttct ... tggcttgcagGTATTCCAATCTTCTGAAGGTCAATGTTCCTGGAAGAGATACTCCTTCAGA






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

attagactaatatagttaattttttggactaaacatcacattctttggcttgcagGTATTCCAATCTTCTGAAGGTCAATGTTCCTGGAAGAGATACTCCTTCAGATGCTCAATCCCGCCTTTTGGAAATTCTTTCTCATTAATGTCAAAGCCAT
                          gactaaa  putative branch site (score: 2)
                                      cattcttt  putative PPT
     actaatatagttaatt  TA-rich tract