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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaaaccaccacttttccctctgttgtctgttagttgtgaagaatattgcaaccattgttgatcctctcctgcatactacttctgtgcagATTGATGGTTAATCTTCCAGATGCAACGAACAGATCAAAGATCTTGAGCGTTATTCTAGCAAAAGAAGAAATAGCACCAGACGTCGATTTAGAAGCTATA

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT4G02480.1
intron # 23
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86063353|gb|DR359110.1|DR359110
EST:     AACAGACCATTTGACCTAGACGAAGCTGTTATTAGACGGCTTCCCCGGAG                         ATTGATGGTTAATCTTCCAGATGCAACGAACAGATCAAAGATCTTGAGCGT
genomic: AACAGACCATTTGACCTAGACGAAGCTGTTATTAGACGGCTTCCCCGGAGgtaaaaccac ... ttctgtgcagATTGATGGTTAATCTTCCAGATGCAACGAACAGATCAAAGATCTTGAGCGT
EST: gi|86063355|gb|DR359112.1|DR359112
EST:     AACAGACCATTTGACCTAGACGAAGCTGTTATTAGACGGCTTCCCCGGAG                         ATTGATGGTTAATCTTCCAGATGCAACGAACAGATCAAAGATCTTGAGCGT
genomic: AACAGACCATTTGACCTAGACGAAGCTGTTATTAGACGGCTTCCCCGGAGgtaaaaccac ... ttctgtgcagATTGATGGTTAATCTTCCAGATGCAACGAACAGATCAAAGATCTTGAGCGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgtgaagaatattgcaaccattgttgatcctctcctgcatactacttctgtgcagATTGATGGTTAATCTTCCAGATGCAACGAACAGATCAAAGATCTTGAGCGTTATTCTAGCAAAAGAAGAAATAGCACCAGACGTCGATTTAGAAGCTATA
                     tgttgat  putative branch site (score: 4)
                                         ctacttct  putative PPT
     agaatatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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gtaaaaccaccacttttccctctgttgtctgttagttgtgaagaatattgcaaccattgttgatcctctcctgcatactacttctgtgcagATTGATGGTTAATCTTCCAGATGCAACGAACAGATCAAAGATCTTGAGCGTTATTCTAGCAAAAGAAGAAATAGCACCAGACGTCGATTTAGAAGCTATA

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