1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
gtaattcacctcaacttcgaaatttccgttcgcttttgtatgctcttactattcggttctaaggcctttgtatttcgagggactttgctacaatgttgtaagatcaacaagaaaaacatcattttctttctttttgtgtgtgtgtttttcccccagGGAATTGAAGATGGAAGACGAACGGATTGAGGCAGAGAAGCAAAGG
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT3G44890.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTCCTCTTGCCTACTGGAAAGGCTCAGCTTATGACTCCACTTCTGCTCAA GGAATTGAAGATGGAAGACGAAEST: gi|164186041|gb|ES012177.1|ES012177
genomic: TTCCTCTTGCCTACTGGAAAGGCTCAGCTTATGACTCCACTTCTGCTCAAgtaattcacc ... tttcccccagGGAATTGAAGATGGAAGACGAA
EST: GCCTACTGGAAAGGCTCAGCTTATGACTCCACTTCTGCTCAA GGAATTGAAGATGGAAGACGAACGGATTAGAGGCAGAGAAGCAAAGGEST: gi|164210324|gb|ES091270.1|ES091270
genomic: GCCTACTGGAAAGGCTCAGCTTATGACTCCACTTCTGCTCAAgtaattcacc ... tttcccccagGGAATTGAAGATGGAAGACGAACGGATT-GAGGCAGAGAAGCAAAGG
EST: GCCTACTGGAAAGGCTCAGCTTATGACTCCACTTCTGCTCAA GGAATTGAAGATGGAAGACGAACGGATTGAGGCAGAGAAGCAAAGGEST: gi|125140476|gb|EL178719.1|EL178719
genomic: GCCTACTGGAAAGGCTCAGCTTATGACTCCACTTCTGCTCAAgtaattcacc ... tttcccccagGGAATTGAAGATGGAAGACGAACGGATTGAGGCAGAGAAGCAAAGG
EST: CTTGCCTACTGGAAAGGCTCAGCTTATGACTCCACTTCTGCTCAA GGAATTGAAGATGGAAGACGAACGGATTGAGGCAGAGAAGCAAAGGGTGAAEST: gi|125110539|gb|EL162451.1|EL162451
genomic: CTTGCCTACTGGAAAGGCTCAGCTTATGACTCCACTTCTGCTCAAgtaattcacc ... tttcccccagGGAATTGAAGATGGAAGACGAACGGATTGAGGCAGAGAAGCAAAGGGTGAA
EST: TTCCTCTTGCCTACTGGAAAGGCTCAGCTTATGACTCCACTTCTGCTCAA GGAATTGAAGATGGAAGACGAACGGATEST: gi|164213223|gb|ES085174.1|ES085174
genomic: TTCCTCTTGCCTACTGGAAAGGCTCAGCTTATGACTCCACTTCTGCTCAAgtaattcacc ... tttcccccagGGAATTGAAGATGGAAGACGAACGGAT
EST: GCCTACTGGAAAGGCTCAGCTTATGACTCCACTTCTGCTCAA GGAATTGAAGATGGAAGACGAACGGATTGAGGCAGAGAAGCAAAGGEST: gi|124837220|gb|EH921659.1|EH921659
genomic: GCCTACTGGAAAGGCTCAGCTTATGACTCCACTTCTGCTCAAgtaattcacc ... tttcccccagGGAATTGAAGATGGAAGACGAACGGATTGAGGCAGAGAAGCAAAGG
EST: CTGGAAAGGCTCAGCTTATGACTCCACTTCTGCTCAA GGAATTGAAGATGGAAGACGAACGGATTGAGGCAGAGAAGCAAAGG
genomic: CTGGAAAGGCTCAGCTTATGACTCCACTTCTGCTCAAgtaattcacc ... tttcccccagGGAATTGAAGATGGAAGACGAACGGATTGAGGCAGAGAAGCAAAGG
gatcaacaagaaaaacatcattttctttctttttgtgtgtgtgtttttcccccagGGAATTGAAGATGGAAGACGAACGGATTGAGGCAGAGAAGCAAAGG
tgtgtttttccccc CT-rich tract
attttctttcttttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaattcacctcaacttcgaaatttccgttcgcttttgtatgctcttactattcggttctaaggcctttgtatttcgagggactttgctacaatgttgtaagatcaacaagaaaaacatcattttctttctttttgtgtgtgtgtttttcccccagGGAATTGAAGATGGAAGACGAACGGATTGAGGCAGAGAAGCAAAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG