1 5' 3' | 2 5' 3' |
...ggcttttgaaatttggttttgcggcaagttttgtatacttttgcttaatgttggaaaacaagaatgtgttgttggttgaccttacatgttattgtaccagCTCCACTTAAGAATGCTCTTGACTGGGCTTCAAGACCACCTAATGTTTGGGCGGACAAACCAGCTGCTATTATAAGCACCGGTGGAGGTTTTGGTGGAGG
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT3G27890.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AGCTGATAGTATCTTGTTTGCTTCTCCTGAGTATAACTTCTCTGTTTCAG CTCCACTTAAGAAEST: gi|86076957|gb|DR372714.1|DR372714
genomic: AGCTGATAGTATCTTGTTTGCTTCTCCTGAGTATAACTTCTCTGTTTCAGgtttgtgtaa ... attgtaccagCTCCACTTAAGAA
EST: AGCTGATAGTATCTTGTTTGCTTCTCCTGAGTATAACTTCTCTGTTTCAG CTCCACTTAAGAATGCTCTTGACTGGGCTTCAAGACCACCTAATGTTTGGGEST: gi|125019879|gb|EL092148.1|EL092148
genomic: AGCTGATAGTATCTTGTTTGCTTCTCCTGAGTATAACTTCTCTGTTTCAGgtttgtgtaa ... attgtaccagCTCCACTTAAGAATGCTCTTGACTGGGCTTCAAGACCACCTAATGTTTGGG
EST: AGCTGATAGTATCTTGTTTGCTTCTCCTGAGTATAACTTCTCTGTTTCAG CTCCACTTAAGAATGCTCTTGACTGGGCTTCAAGACCACCTAATGEST: gi|125322449|gb|EL336534.1|EL336534
genomic: AGCTGATAGTATCTTGTTTGCTTCTCCTGAGTATAACTTCTCTGTTTCAGgtttgtgtaa ... attgtaccagCTCCACTTAAGAATGCTCTTGACTGGGCTTCAAGACCACCTAATG
EST: AGCTGATAGTATCTTGTTTGCTTCTCCTGAGTATAACTTCTCTGTTTCAG CTCCACTTAAGAAEST: gi|125306286|gb|EL320371.1|EL320371
genomic: AGCTGATAGTATCTTGTTTGCTTCTCCTGAGTATAACTTCTCTGTTTCAGgtttgtgtaa ... attgtaccagCTCCACTTAAGAA
EST: AGTATAACTTCTCTGTTTCAG CTCCACTTAAGAATGCTCTTGACTGGGCTTCAAGACCACCTAATGTTTGGG
genomic: AGTATAACTTCTCTGTTTCAGgtttgtgtaa ... attgtaccagCTCCACTTAAGAATGCTCTTGACTGGGCTTCAAGACCACCTAATGTTTGGG
taatgttggaaaacaagaatgtgttgttggttgaccttacatgttattgtaccagCTCCACTTAAGAATGCTCTTGACTGGGCTTCAAGACCACCTAATGTTTGGGCGGACAAACCAGCTGCTATTATAAGCACCGGTGGAGGTTTTGGTGGAGG
accttac putative branch site (score: 3)
atgttatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ggcttttgaaatttggttttgcggcaagttttgtatacttttgcttaatgttggaaaacaagaatgtgttgttggttgaccttacatgttattgtaccagCTCCACTTAAGAATGCTCTTGACTGGGCTTCAAGACCACCTAATGTTTGGGCGGACAAACCAGCTGCTATTATAAGCACCGGTGGAGGTTTTGGTGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
-gcttttg
- - - - - - - ggttttg
- - - - - - - - - - - - - -gttttgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaaacaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cttacat