1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
gtaagtaattaatgaacaacacataattccgtaaaaacaacattcaactaaattcaaacagtttgaagtatatccatgcattgtcttggctataacagGCGGTAATCGAGATCGAAAACATCATGTTTTGACATATGAAGACAAGGATGGAGATTGGATGATGGTCGGAGATATTCCATGGGA
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT3G17600.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
tcaactaaattcaaacagtttgaagtatatccatgcattgtcttggctataacagGCGGTAATCGAGATCGAAAACATCATGTTTTGACATATGAAGACAAGGATGGAGATTGGATGATGGTCGGAGATATTCCATGGGA
aactaaa putative branch site (score: 2)
taaattcaaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagtaattaatgaacaacacataattccgtaaaaacaacattcaactaaattcaaacagtttgaagtatatccatgcattgtcttggctataacagGCGGTAATCGAGATCGAAAACATCATGTTTTGACATATGAAGACAAGGATGGAGATTGGATGATGGTCGGAGATATTCCATGGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT