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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagactgtctcttactagttctctcatctctctttcgctttatctaccatttgatgacattttgctctttccttttctagGACGGAACTTACTGTTGGCTCAGATTGAGCAACTCTGTGCCAATACTGGCCAGATTCTTTCATCTGAGCTAATCCATTCTGTTCTTTCGTTTCTCCGCAA

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G02080.2
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116440777|gb|EG483369.1|EG483369
EST:     CTTTGCTCTCGCCCTGACCGATTTTGAAAGATTAGATGCAAAGACCACTG                         GACGGAACTTACTGTTGGCTCAGATTGAGCAACTCTGTGCCAATACCGGCC
genomic: CTTTGCTCTCGCCCTGACCGATTTTGAAAGATTAGATGCAAAGACCACTGgtaagactgt ... ccttttctagGACGGAACTTACTGTTGGCTCAGATTGAGCAACTCTGTGCCAATACTGGCC






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atctctctttcgctttatctaccatttgatgacattttgctctttccttttctagGACGGAACTTACTGTTGGCTCAGATTGAGCAACTCTGTGCCAATACTGGCCAGATTCTTTCATCTGAGCTAATCCATTCTGTTCTTTCGTTTCTCCGCAA
                       atttgat  putative branch site (score: 5)
                                cattttgctctttcct  putative PPT
             tttatcta  TA-rich tract