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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaaagagagaagatgctgtgataaaaactttcctttgaggatgttgttacctgcatatgtttaaactacaatttttctgcagGTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTACCGAAAATATCGAGCTAG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G73020.1
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116436471|gb|EG479063.1|EG479063
EST:     ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAG                         GTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
genomic: ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAGgtaaaagaga ... ttttctgcagGTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
EST: gi|116423940|gb|EG466532.1|EG466532
EST:     ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAG                         GTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGTTAC
genomic: ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAGgtaaaagaga ... ttttctgcagGTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
EST: gi|116423946|gb|EG466538.1|EG466538
EST:     ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAG                         GTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
genomic: ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAGgtaaaagaga ... ttttctgcagGTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
EST: gi|116435865|gb|EG478457.1|EG478457
EST:     ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAG                         GTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
genomic: ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAGgtaaaagaga ... ttttctgcagGTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
EST: gi|116436463|gb|EG479055.1|EG479055
EST:     ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAG                         GTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
genomic: ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAGgtaaaagaga ... ttttctgcagGTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
EST: gi|116435910|gb|EG478502.1|EG478502
EST:     ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAG                         GTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
genomic: ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAGgtaaaagaga ... ttttctgcagGTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
EST: gi|116436478|gb|EG479070.1|EG479070
EST:     ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAG                         GTTTTCCGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
genomic: ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAGgtaaaagaga ... ttttctgcagGTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
EST: gi|116436399|gb|EG478991.1|EG478991
EST:     ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAG                         GTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
genomic: ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAGgtaaaagaga ... ttttctgcagGTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
EST: gi|116436349|gb|EG478941.1|EG478941
EST:     ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAG                         GTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAA
genomic: ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAGgtaaaagaga ... ttttctgcagGTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAA
EST: gi|116436465|gb|EG479057.1|EG479057
EST:     ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAG                         GTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
genomic: ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAGgtaaaagaga ... ttttctgcagGTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
EST: gi|116423949|gb|EG466541.1|EG466541
EST:     ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAG                         GTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGTTAC
genomic: ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAGgtaaaagaga ... ttttctgcagGTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
EST: gi|116423860|gb|EG466452.1|EG466452
EST:     ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAG                         GTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
genomic: ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAGgtaaaagaga ... ttttctgcagGTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
EST: gi|116423780|gb|EG466372.1|EG466372
EST:     ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAG                         GTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
genomic: ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAGgtaaaagaga ... ttttctgcagGTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
EST: gi|116436460|gb|EG479052.1|EG479052
EST:     ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAG                         GTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
genomic: ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAGgtaaaagaga ... ttttctgcagGTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
EST: gi|116436362|gb|EG478954.1|EG478954
EST:     ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAG                         GTTTTCTGGACTTTGATGGGTGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
genomic: ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAGgtaaaagaga ... ttttctgcagGTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
EST: gi|116436484|gb|EG479076.1|EG479076
EST:     ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAG                         GTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
genomic: ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAGgtaaaagaga ... ttttctgcagGTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
EST: gi|116436480|gb|EG479072.1|EG479072
EST:     ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAG                         GTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
genomic: ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAGgtaaaagaga ... ttttctgcagGTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
EST: gi|116436488|gb|EG479080.1|EG479080
EST:     ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAG                         GTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
genomic: ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAGgtaaaagaga ... ttttctgcagGTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
EST: gi|116436474|gb|EG479066.1|EG479066
EST:     ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAG                         GTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
genomic: ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAGgtaaaagaga ... ttttctgcagGTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
EST: gi|116435879|gb|EG478471.1|EG478471
EST:     ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAG                         GTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
genomic: ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAGgtaaaagaga ... ttttctgcagGTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
EST: gi|116432868|gb|EG475460.1|EG475460
EST:     ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAG                         GTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
genomic: ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAGgtaaaagaga ... ttttctgcagGTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
EST: gi|116436404|gb|EG478996.1|EG478996
EST:     ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAG                         GTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
genomic: ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAGgtaaaagaga ... ttttctgcagGTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
EST: gi|116423711|gb|EG466303.1|EG466303
EST:     ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAG                         GTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
genomic: ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAGgtaaaagaga ... ttttctgcagGTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
EST: gi|116436467|gb|EG479059.1|EG479059
EST:     ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAG                         GTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
genomic: ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAGgtaaaagaga ... ttttctgcagGTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
EST: gi|116432873|gb|EG475465.1|EG475465
EST:     ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAG                         GTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
genomic: ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAGgtaaaagaga ... ttttctgcagGTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
EST: gi|116423947|gb|EG466539.1|EG466539
EST:     ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAG                         GTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGTTAC
genomic: ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAGgtaaaagaga ... ttttctgcagGTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
EST: gi|116436479|gb|EG479071.1|EG479071
EST:     ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAG                         GTTTTCCGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
genomic: ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAGgtaaaagaga ... ttttctgcagGTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
EST: gi|116436359|gb|EG478951.1|EG478951
EST:     ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAG                         GTTTTCTGGACTTTGATGGGTGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGATAC
genomic: ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAGgtaaaagaga ... ttttctgcagGTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
EST: gi|116423849|gb|EG466441.1|EG466441
EST:     ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAG                         GTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
genomic: ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAGgtaaaagaga ... ttttctgcagGTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
EST: gi|116436402|gb|EG478994.1|EG478994
EST:     ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAG                         GTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATTTTAAGTACAGCTAC
genomic: ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAGgtaaaagaga ... ttttctgcagGTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
EST: gi|116436468|gb|EG479060.1|EG479060
EST:     ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAG                         GTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
genomic: ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAGgtaaaagaga ... ttttctgcagGTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
EST: gi|116423710|gb|EG466302.1|EG466302
EST:     ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAG                         GTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
genomic: ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAGgtaaaagaga ... ttttctgcagGTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
EST: gi|116436486|gb|EG479078.1|EG479078
EST:     ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAG                         GTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
genomic: ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAGgtaaaagaga ... ttttctgcagGTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
EST: gi|116432871|gb|EG475463.1|EG475463
EST:     ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAG                         GTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
genomic: ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAGgtaaaagaga ... ttttctgcagGTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
EST: gi|116457871|gb|EG500463.1|EG500463
EST:     ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAG                         GTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
genomic: ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAGgtaaaagaga ... ttttctgcagGTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
EST: gi|116435877|gb|EG478469.1|EG478469
EST:     ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAG                         GTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
genomic: ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAGgtaaaagaga ... ttttctgcagGTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
EST: gi|116436469|gb|EG479061.1|EG479061
EST:     ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAG                         GTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
genomic: ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAGgtaaaagaga ... ttttctgcagGTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC
EST: gi|116423941|gb|EG466533.1|EG466533
EST:     ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAG                         GTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGTTAC
genomic: ACTTCATGACACTTCGACAAGTATTGATCCAACGGTTAATAATCTCACAGgtaaaagaga ... ttttctgcagGTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTAC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctttcctttgaggatgttgttacctgcatatgtttaaactacaatttttctgcagGTTTTCTGGACTTTGATGGATGGTTCTTTACCTTATCTTAAGTACAGCTACCGAAAATATCGAGCTAG
                                            tttttctgc  CT-rich tract
                           atatgtttaaactaca  TA-rich tract