1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
...atagacccttaaaaggattatacactttagattgcataggcccttaaaggaattaccttttactagatggctcataaagtctgtctatttgtttttgaagGTCACTATTTGAGTGCAACAGCTTATATGTGGGCTAGTACTCATAATGATACTCTCAAGGAGAAAATGTCAGCTCTTGTCTCAGCTCTATCGGAATGCCA
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT5G12950.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTATGGAGGATGGGAGAGACCAGATAGTGAACTCCGTGGCCATTTTGTCG GTCACTATTTGAGTGCAACAGCTTATATGTGGGCTAGTACTCATAATGATAEST: gi|47831598|gb|CK121282.1|CK121282
genomic: CTATGGAGGATGGGAGAGACCAGATAGTGAACTCCGTGGCCATTTTGTCGgtataaacct ... gtttttgaagGTCACTATTTGAGTGCAACAGCTTATATGTGGGCTAGTACTCATAATGATA
EST: CTATGGAGGATGGGAGAGACCAGATAGTGAACTCCGTGGCCATTTTGTCG GTCACTATTTGAGTGCAACAGCTTATATGTGGGCTAGTACTCATAATGATA
genomic: CTATGGAGGATGGGAGAGACCAGATAGTGAACTCCGTGGCCATTTTGTCGgtataaacct ... gtttttgaagGTCACTATTTGAGTGCAACAGCTTATATGTGGGCTAGTACTCATAATGATA
aaaggaattaccttttactagatggctcataaagtctgtctatttgtttttgaagGTCACTATTTGAGTGCAACAGCTTATATGTGGGCTAGTACTCATAATGATACTCTCAAGGAGAAAATGTCAGCTCTTGTCTCAGCTCTATCGGAATGCCA
tttgttttt CT-rich tract
tatttgtttttgaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| atagacccttaaaaggattatacactttagattgcataggcccttaaaggaattaccttttactagatggctcataaagtctgtctatttgtttttgaagGTCACTATTTGAGTGCAACAGCTTATATGTGGGCTAGTACTCATAATGATACTCTCAAGGAGAAAATGTCAGCTCTTGTCTCAGCTCTATCGGAATGCCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTC
- - - ccttaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cataaag