1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
gtttatacatacaaatagtcaaaaaacacttctctctttgttgataatgatgaacgaacttgaacctgaacttctttatatgtgattgaaccagCTATGATTATTCAGGCTATGGAGCTTCAACAGGCAAG
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT2G24320.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GTTGATCTCTTCATCGAGCTTCGAGCTCATCTCCGCGTCAACATTATGAG CTATGATTATTCAGGCTATGGAGCTTCAACAGGCAAGEST: gi|116451186|gb|EG493778.1|EG493778
genomic: GTTGATCTCTTCATCGAGCTTCGAGCTCATCTCCGCGTCAACATTATGAGgtttatacat ... attgaaccagCTATGATTATTCAGGCTATGGAGCTTCAACAGGCAAG
EST: GTTGATCTCTCCATCGAGCTTCGAGCTCATCTCCGCGTCAACATTATGAG CTATGATTATTCAGGCTATGGAGCTTCAACAGGCAAGEST: gi|116451191|gb|EG493783.1|EG493783
genomic: GTTGATCTCTTCATCGAGCTTCGAGCTCATCTCCGCGTCAACATTATGAGgtttatacat ... attgaaccagCTATGATTATTCAGGCTATGGAGCTTCAACAGGCAAG
EST: GTTGATCTCTTCATCGAGCTTCGAGCCCATCTCCGCGTCAACATTATGAG CTATGATTATTCAGGCTATGGAGCTTCAACAGGCAAGEST: gi|116451174|gb|EG493766.1|EG493766
genomic: GTTGATCTCTTCATCGAGCTTCGAGCTCATCTCCGCGTCAACATTATGAGgtttatacat ... attgaaccagCTATGATTATTCAGGCTATGGAGCTTCAACAGGCAAG
EST: GTTGATCTCTTCATCGAGCTTCGAGCTCATCTCCGCGTCAACATTATGAG CTATGATTATTCAGGCTATGGAGCTTCAACAGGCAAGEST: gi|116451178|gb|EG493770.1|EG493770
genomic: GTTGATCTCTTCATCGAGCTTCGAGCTCATCTCCGCGTCAACATTATGAGgtttatacat ... attgaaccagCTATGATTATTCAGGCTATGGAGCTTCAACAGGCAAG
EST: GTTGATCTCTTCATCGAGCTTCGAGCTCATCTCCGCGTCAACATTATGAG CTATGATTATTCAGGCTATGGAGCTTCAACAGGCAAGEST: gi|116451173|gb|EG493765.1|EG493765
genomic: GTTGATCTCTTCATCGAGCTTCGAGCTCATCTCCGCGTCAACATTATGAGgtttatacat ... attgaaccagCTATGATTATTCAGGCTATGGAGCTTCAACAGGCAAG
EST: GTTGATCTCTTCATCGAGCTTCGAGCTCATCTCCGCGTCAACATTATGAG CTATGATTATTCAGGCTATGGAGCTTCAACAGGCAAGEST: gi|116451172|gb|EG493764.1|EG493764
genomic: GTTGATCTCTTCATCGAGCTTCGAGCTCATCTCCGCGTCAACATTATGAGgtttatacat ... attgaaccagCTATGATTATTCAGGCTATGGAGCTTCAACAGGCAAG
EST: GTTGATCTCTTCATCGAGCTTCGAGCTCATCTCCGCGTCAACATTATGAG CTATGATTATTCAGGCTATGGAGCTTCAACAGGCAAGEST: gi|116451179|gb|EG493771.1|EG493771
genomic: GTTGATCTCTTCATCGAGCTTCGAGCTCATCTCCGCGTCAACATTATGAGgtttatacat ... attgaaccagCTATGATTATTCAGGCTATGGAGCTTCAACAGGCAAG
EST: GTTGATCTCTTCATCGAGCTTCGAGCTCATCTCCGCGTCAACATTATGAG CTATGATTATTCAGGCTATGGAGCTTCAACAGGCAAG
genomic: GTTGATCTCTTCATCGAGCTTCGAGCTCATCTCCGCGTCAACATTATGAGgtttatacat ... attgaaccagCTATGATTATTCAGGCTATGGAGCTTCAACAGGCAAG
gttgataatgatgaacgaacttgaacctgaacttctttatatgtgattgaaccagCTATGATTATTCAGGCTATGGAGCTTCAACAGGCAAG
tgttgat putative branch site (score: 4)
ttctttatat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtttatacatacaaatagtcaaaaaacacttctctctttgttgataatgatgaacgaacttgaacctgaacttctttatatgtgattgaaccagCTATGATTATTCAGGCTATGGAGCTTCAACAGGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT